这是我这几个星期以来看到的最好的提问，我一定要说上几句 :)

一般来说nicht 放在句子末尾否定动词，放在某个句子成分前面否定该句子成分，就你举得例子：

a) Ich habe die Prüfung nicht bestanden. (没有通过考试，重读nicht，最好用完成时)

b) Ich habe nicht diese Prüfung (sondern eine andere Prüfung) bestanden. (通过的不是这个考试，注意：用diese能更好地反映特指, 且重读diese，还是用完成时好)

小结：nicht和句子中的冠词，重读和时态相匹配，才能产生没有歧义的含义，否则，空谈nicht就会造成你在提问的时候脑子里面的模糊不解了

nicht修饰的成分是可以提前的，但还是要注意：

a) Nicht das Buch schenke ich ihm, sondern den Füller. 句子的重读对象是Buch和Füller，含义：不是这本书，而是那支笔，书和笔是对应概念；

b) Nicht das Buch schenke ich ihm, sondern ein anderes Buch. 句子应该重读das，含义：送的不是这本书，而是另一本书

小结：看来含义表达同样和重音有关

同样的情况：

Ich muss die Prüfung nicht bestehen. 不必考试，重读nicht

Ich muss nicht diese Prüfung bestehen (sondern eine andere). 重读diese，甚至为了强调，更多会把句子成分提前，做成Diese Prüfung muss ich nicht bestehen. 不必参加的是这个考试

Er holt das Auto nicht aus der Garage. 他没从车库取车，否定的本来就是车库

a) 如果想说是从其它地方取的车，在后面补充就行了：

Er holt das Auto nicht aus der Garage, sondern aus einem anderen Ort.

b) Er holt das Auto aus der Garage nicht. 之所以不说，是因为不符合表达逻辑，既然车都没有取，怎么可能还存在“从车库里面出来“的方向概念呢，所以当我们说 Er holt das Auto nicht.的时候，句子里面是不会有aus der Garage这个成分的。或者你想说的是：Er kommt aus der Garage, aber er holt das Auto nicht.

祝学习愉快！不要太在意语法，主意培养语感。