根据职责，南昌市东湖区财政局内设5个职能科（室），分别承担不同职能。

（一）办公室负责局机关日常运转工作，包括文电、会务、机要、档案管理等，并承担机关国有资产、财务、信息、综治、安全、保密、信访、政务公开、行政复议、行政诉讼、财政科研等工作。此外，办公室还负责人事管理、机构编制、教育培训规划、计划生育、离退休老干部工作以及党群工作。

（二）预算行财社保科主要职责包括分析预测宏观经济形势，提出财政政策、财政体制、预算管理制度建议。执行国家预算方针、政策，编制区本级年度预算草案，组织预算执行和预算追加事宜。此外，该科还负责部门预算审核、调整工作、支出标准体系建设、项目管理，以及义务教育经费保障机制改革、公务员津贴补贴清理规范、社会保障和就业医疗支出管理。

（三）综合计划会计科（行政审批服务科）负责非税收入征收管理、票据管理、会计信息质量监督，以及会计从业资格管理、会计信息化标准实施。主要职责包括非税收入征收指导、统计分析、监督检查，以及国家统一会计准则制度执行和会计从业资格管理。

（四）财政监督局（国资企财科）负责财政监督检查政策和制度贯彻执行，监督预算编制和执行过程中的财政法规、政策和制度执行情况。承担会计信息质量和上级财政委托的行业执业质量检查，依法查处违法违规行为。该科还负责财政收支管理问题检查、政策建议提出、局内及下属事业单位财务收支管理，以及企业财务通则执行、国有资产基础管理、权属界定、登记和监管工作。

（五）国库支付中心（信息中心）组织预算执行分析预测，执行总预算会计、行政单位会计及政府会计制度，管理财政和预算单位账户、财政决算及总会计核算。该中心还负责国库管理制度、国库集中收付制度实施，管理财政支出，确保财政性资金支付准确、及时、安全。此外，国库支付中心还参与财政涉农资金监管、财政补贴资金发放，以及财政系统信息化建设规划、局域网建设和维护、计算机系统维护、信息资源开发等工作。

纪检组作为区纪委的派驻机构，主要职责是监督和执行党风廉政建设政策，对财政系统内部及下属事业单位进行监督，确保财务收支管理合规。