上饶县审计局职能股室包括办公室、行政事业经贸股、财政与金融股、经济责任股、农业与资源环保股以及固定资产投资股。

办公室主要负责制定年度审计工作计划与审计项目计划管理、考核办法，以及机关的人事、劳动工资、机构编制、职称考试与聘用工作。同时，办公室负责内外联系与综合协调，文秘、信访工作，审计宣传、档案管理、统计工作，以及财会与后勤服务管理。此外，办公室还审核与复核审计报告、意见书与决定，实施审计普法教育。

行政事业经贸股对本县各行政部门、事业单位及其属企业、事业单位的财务收支进行审计。对县离退休、社会保障资金、教育、卫生、体育、计划生育、文体、统计、科技三项等费用进行审计或调查。同时，负责对县属国有工商企业和国有控股企业审计与调查，接受中央、省授权的行业审计调查工作。

财政与金融股负责审计县财政预算、乡（镇）财政预、决算、预算外财政资金管理与使用情况、政府各部门财务收支，以及中央授权的县级金融、保险部门及其所属单位的审计和专项审计调查。

经济责任股组织与协调经济责任审计工作，负责县管领导干部经济责任审计工作，以及根据县委、县政府安排和组织、纪检监察等部门的委托，对其他与经济责任有关事项进行审计或调查。此外，该股还负责本县各单位内部审计的指导与监督。

农业与资源环保股审计县政府涉农及环保等部门的财政财务收支，审计县属国有农业企业的资产、负债、损益情况，审计县级人民政府管理的农林、水利、国土资源、环保资金的筹集、管理、使用情况。同时，开展农业与资源环保专项审计与调查。

固定资产投资股对县辖范围内以国有资产投资或者以国有资产投资为主的基本建设项目和技术改造项目预算执行和竣工决算进行审计。