根据上述职责，市农业局内设8个职能科室。办公室负责机关日常运转工作，包括文电、会务、机要、档案等，同时也承担信息、安全、保密、信访、综治、计划生育等工作，以及政务公开和重大突发事件应急综合管理。组织人事编制科则负责机关及下属单位的人事管理、劳动工资、机构编制、职称评聘、人事任免、奖惩、劳动保护、保险福利及离退休人员的管理服务工作。计划财务审计科制定农业和农村经济中长期发展规划，提出财政、信贷、保险等有关政策和项目建议，管理全局各项资金并对下属单位实行会计集中核算。农业产业化指导科负责农业产业化经营和农产品加工业发展规划的实施，促进农业产前、产中、产后一体化发展。生产指导科则负责制定种植业、养殖业、农机等年度工作计划并监督实施，指导经济作物种苗管理工作。市场与涉外科负责农产品市场体系建设、农产品质量监管，以及农业信息服务体系建设。科技教育科拟订农业科研、农技推广的规划和计划，指导农业科技普及和农民从业技能培训工作。行政审核审批科负责农业行政许可（审核、审批）相关工作的综合协调，以及农业法规草案和规章的起草建议和执法监督工作。市农垦事业管理办公室具体承担对全市农垦管理工作的指导与协调。机关党委负责机关和直属单位的党群工作。纪委（挂纪工委牌子）、监察室作为市纪委（市监察局）的派驻机构，负责农业行政执法体系建设、行政复议和行政应诉工作。