不会。根据南京中医药大学官网查询可知，始建于1954年10月15日，初名江苏省中医进修学校，后经江苏省中医学校，扩建为南京中医学院，同一所大学的不同校区，只要是直属校区（不是独立学院），那么毕业证是完全一样的，其南京中医药大学泰安校区毕业证不会不一样的，但是有一些大学的独立学院也称作什么什么校区，但是本质上是独立学院，那么毕业证书就完全不一样。