国家食品药品监督管理局培训中心的机构设置包含了多个职能部门，以确保高效运作和专业服务。

首先，办公室作为中心的核心行政支持，负责协调和处理日常行政事务，包括资金结算、财务分析和下属机构的审计，同时管理人事劳资、文秘档案、综合信息统计，以及中心的党务工作和党风廉政建设。

教务处主要负责教学培训的电子化管理与教务工作，包括教学质量评估、师资库和图书馆的维护，远程网络教育和网站的建设和管理，以及教学设备的技术保障。

教研室则专注于队伍建设的培训规划和教材开发，研究教育培训内容、方法，协助国家食品药品监督管理局指导培训工作，进行软课题调研，并承担部分教学授课任务和学历教育组织工作。

培训一处主要负责国家食品药品监督管理局的教育培训计划，包括公务员培训、考核管理和执业药师培训。而培训二处、三处和四处分别针对药品、食品、保健品、化妆品和医疗器械流通领域的监管，进行教育培训、法律法规培训和社会教育，以及学历教育的组织。

综合处则承担中心的基础设施、固定资产管理和后勤保障工作，包括环境卫生、车辆管理、计生医保和社会治安等综合事务，确保培训中心的全方位支持。