吉林市林业科学研究院的内部机构设计精细，旨在推进科研、推广和技术服务的全面发展。其机构主要包括:

科研部，这个部门承担着基础研究和应用研究的重任，具体设有遗传育种研究室，致力于树种改良和新品种培育；造林研究室专注于植树造林技术的研究；森林经营研究室则关注森林资源的可持续管理；森保研究室致力于森林病虫害防控的研究；杨树研究室专注于杨树这一重要树种的专门研究；组培育苗中心则负责高质量苗木的生产和推广。

实践基地方面，有实验林场，用于实地试验和监测林业技术效果；实验苗圃则专注于苗木培育和试验。

行政支持部门有办公室，负责日常管理和协调工作；同时，《江城林业科技》编辑部负责编发专业期刊，传播最新的林业科技信息和研究成果。

此外，研究院还设有专门的实验室，包括昆虫实验室、病理实验室、土壤实验室和植物实验室，这些实验室为科研人员提供了精准的实验环境，支持深入的科学研究。

最后，林业科技情报中心承担着情报收集、分析和共享的任务，为研究院的整体发展提供强有力的信息支持。

这样的组织结构确保了研究院在科研、推广和技术支持等方面的全面覆盖，为吉林市的林业发展提供了坚实的基础。