娄底市地方税务局在机构设置上构建了完善的管理体系，以确保各项税法政策的执行与税收管理的高效进行。按照职能划分，税务局下设多个行政科室和直属机构，以实现税收管理的精细化和专业化。

首先，内设行政科（室）12个，均属于正科级单位，涵盖了税务管理的核心职能。其中，办公室负责日常政务工作协调、文电档案管理、税收宣传和政务公开等；政策法规科则负责依法行政、依法治税方案的制定和实施，规范性文件管理，重大税务案件的审理与税务行政审批工作。

流转税科与国际税收管理科共同负责营业税、烟叶税等税种的征收管理工作，包括政策制定、业务解释、纳税评估与日常管理等。财产和行为税科则负责城市维护建设税、土地增值税等税种的管理，任务包括政策执行、税源管理、日常管理与纳税辅导。

所得税科专注企业所得税和个人所得税的征收管理，进行政策解读、业务处理、纳税评估与日常管理工作。规费科则负责社会保险费、文化事业建设费等费（金）的征收管理，包括政策解释、费源管理、日常管理和税收法律救济。

征管和科技发展科与发票管理所共同负责税收征管的长期规划、信息化建设、税收数据管理、个体税收管理、税务登记、纳税申报、税收发票管理等工作。纳税服务科则负责协调各税种的纳税服务工作，提供纳税辅导、咨询服务、税收法律救济，受理纳税人投诉，组织税法宣传。

收入规划核算科负责税收收入规划、税收计划编制、收入分析预测、税收会计核算、统计核算、票证管理等工作。财务管理科则管理税务经费、装备、资产，负责财务预决算编制、经费拨付、政府采购和系统服装发放。

人事教育科负责干部人事制度、税务人才队伍建设、人员教育培训规划的制定与实施，承担干部管理、工资管理、机构编制管理、公务员管理等工作。思想政治工作科负责党群工作、思想政治工作、精神文明建设、税务文化建设、基层建设等工作。

监察室作为省局派驻机构，负责党风廉政建设和反腐败工作、纪律检查、行政监察工作、违纪违规案件的调查处理。审计科则负责财务、经费、基建和税收执法等专项审计，组织实施对领导干部的任期经济责任审计和离任前审计。

直属行政机构中，娄底市地方税务局直属局（大企业税收管理局）负责重点税源企业（大型企业）的税收征收管理、省级收入管理和指导工作。娄底市地方税务局稽查局负责税务稽查制度制定、稽查工作组织与管理，税务违法案件查处和发票涉税违法行为打击。

直属事业机构包括娄底市地方税务局机关后勤服务中心和信息中心，前者负责局机关后勤管理和保障工作，后者承担系统信息化建设的技术服务与技术支持，参与税收管理信息化的规划与实施。注册税务师管理中心则负责注册税务师资格管理、业务培训、年检工作，以及税务师事务所的初审和执业情况监督检查。