处理安徽挂靠经营合同纠纷的起诉程序，大致如下：首先，若双方能通过协商解决争议，则优先采用协商方式。若协商无果，应寻求法律途径以维护权益。

进入诉讼阶段，需按以下步骤进行：第一步，起草起诉书；第二步，携带相关证据及起诉书至法院立案，并缴纳诉讼费；第三步，法院将举行庭审，此过程包括：宣读法律纪律、开场白、询问是否回避、材料是否收到、法庭调查（包括原告陈述、被告答辩、证据交换、辩论等）和法庭辩论等阶段。其中，法庭调查阶段尤为重要，其中质证环节尤为关键。在法庭辩论阶段，各方应围绕争议焦点表达观点，充分行使辩论权利。

庭审结束后，法院将进行调解，若双方达成调解协议则执行协议内容；若未能达成协议，则由法官作出裁决。最后，若败诉方不主动履行法院判决，胜诉方有权申请强制执行。