一、真核细胞型微生物

这类微生物的细胞核具有较高的分化程度，拥有核膜、核仁和染色体。它们的胞质内含有完整的细胞器，如内质网、核糖体和线粒体等。真菌是这一类微生物的代表。

二、原核细胞型微生物

这类微生物的细胞核分化程度较低，仅含有原始的核质，没有核膜和核仁。它们的细胞器不够完善。这一类微生物包括细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌等。

三、非细胞型微生物

这类微生物没有典型的细胞结构，也没有产生能量的酶系统，因此只能在宿主细胞内生长和繁殖。病毒是这一类微生物的典型代表。