河源市地方税务局设有多个内设科室，包括办公室、法规科、税政科、规费管理科、征收管理科、计划财务科、信息管理科、人事教育科、机关党委办公室（基层工作科）以及监察室（与纪检组合署办公）。

办公室负责处理、协调局机关日常政务、档案、信访、保密、机关财务、督办等工作，组织会议、税法宣传、税收调查研究，制定内部规章制度。

法规科负责地方税收执法监督，合法性审查，税务行政诉讼和复议，指导法制工作，税收政策调研和理论研究。

税政科负责地方各税种征收管理工作，解释和处理政策业务问题，制定具体实施办法，检查税收政策执行情况，进行税政问题调查研究。

规费管理科负责教育费附加、社会保险费、文化事业建设费等规费征收管理工作，解释具体业务问题，制定征收管理具体实施办法。

征收管理科负责指导、检查税收征管法律、法规、条例执行事项，制定综合性地方税收征管规定及制度，强化和完善征管手段，进行税务登记、发票管理、纳税评估，组织征管质量检查、考核。

计划财务科负责上级税收收入计划落实、年度计划编制、执行情况分析，汇总分析全市税收信息，监督会计、统计制度执行，税源监控，税收票证管理，经费、财务、装备、固定资产管理，财务预、决算审核，经费划拨。

信息管理科负责本市税务系统信息化工作规划、管理和指导，计算机信息系统组织实施、运行管理、维护，税收计算机信息处理、维护，技术支持和技术培训。

人事教育科负责管理领导干部和人事管理、外事管理、离退休人员管理，制定干部教育规划，组织学历教育和岗位培训。

机关党委办公室（基层工作科）负责机关和直属单位党务、工青妇工作，指导基层建设、思想政治工作和精神文明建设。

监察室（与纪检组合署办公）负责执法教育、党风党纪和廉政教育，地方税务执法监察，受理检举、控告和申诉，纪检、监察工作指导，干部离任审计，内部审计组织。