在探索 hisat2 和 samtools 的应用时，首要步骤是查阅官方手册，确保对程序的每一个操作有清晰的理解。这句广为人知的程序界谚语“RTFM”（阅读官方文档）尤为重要。

在实际操作中，你需要考虑你的电脑是否配备了超过16个CPU线程。如果确实如此，可以考虑使用 -p 16 参数以优化并行处理，但须注意，如果电脑的线程数有限，过度使用此参数可能导致程序运行缓慢，特别是在多用户共享的服务器环境下。

对于“在网上找不到任何消息”这种情况，程序界常常提醒我们“RTFM”，即阅读官方文档。借助 HISAT2 命令行前的 -x 参数，可以了解其索引文件的位置。通常，这些索引文件在特定网站上提供，若未提供，需自行创建。创建索引时，需考虑到内存需求，例如人类基因组索引的生成需要约200G内存，是基因组大小的60倍。

了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。

最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细阅读手册（使用“man”命令），你会发现所需的全部信息。