已认证的发票在发现问题时，不能直接退回给销货方，尤其是发票联和抵扣联部分。如果销货方已经重新开具了发票，那么原已认证的发票需要进行进项转出处理。

对于新开来的发票，如果经过认证后没有问题，是可以用于抵扣的。若已认证的专用发票存在错误，发票开具方无法再次作废并重新开具。正确的处理流程是由购买方在防伪税控开票系统中开具红字发票申请单，并携带该申请单及电子数据前往主管税务机关办理红字发票通知单。随后，发票开具方根据通知单开具红字发票，之后再按照正确的信息重新开具蓝字发票。

整个过程中，涉及到的每个步骤都需要严格按照税务部门的规定来操作，以确保企业的财务记录准确无误，并且符合国家的税收政策要求。这不仅有助于企业避免因发票问题带来的经济损失，还能避免潜在的税务风险。

值得注意的是，红字发票的开具和蓝字发票的重新开具，都需要及时完成，以确保企业能够及时享受相应的税收优惠，避免因发票问题导致的延迟享受税收优惠。

在实际操作中，企业应当加强内部管理，建立健全的发票管理制度，确保发票开具、认证、退回等各个环节的规范性，从而有效规避因发票问题带来的各类风险。