企业在税务机关的申报系统发现报表数据需修改时，首先，通过税务软件申请报表撤回操作。

接着，将税务机关提供的撤回指令文件替换到需要修改的报表位置，进行数据修改。

修改完毕后，企业需重新提交报表至税务系统。

若企业采用介质方式申报，需要前往税务机关获取撤销文件。

在企业对报表完成修改后，携带撤销文件及修改后的报表重新进行申报流程。