北方夜视科技集团有限公司的组织架构分为多个层级，以确保运营的高效和专业分工。首先，集团内部设有11个核心职能部门，包括董事会秘书处，负责公司日常的行政事务；公司办公室，管理日常运行；发展规划部，规划集团长远发展策略；科技管理部，把控研发方向；人力资源部，负责人才管理和招聘；财务金融部，管理公司的财务和资金；资产与投资部，负责资本运作和投资决策；运营管理部，优化日常运营流程；质量安全部，确保产品质量和安全；党群工作部，关注员工文化和党建工作；纪检监察审计部，监督集团合规和审计事务。

集团还设有三个专业研究机构，分别是夜视技术研究院，致力于夜视技术的研发；红外探测器中心，专注于红外技术的研发和应用；西安微光器件研究中心，专注于微光器件的创新与研发。

在全资子公司方面，集团拥有昆明北方红外技术股份有限公司，北方夜视技术股份有限公司以及云南北方光电仪器有限公司，专注于光电领域的生产和销售。

集团还设有两个分公司，北京分公司作为集团的营销中心，负责产品推广和市场拓展；能源物业分公司则涉及能源管理和物业服务。

此外，集团与外部合作，拥有五个合资子公司，分别是云南北方驰宏光电股份有限公司，云南北方奥雷德光电科技股份有限公司，云南北方昆物光电科技发展有限公司，昆明北方泰雷兹光学有限公司，以及云光发展公司，这些公司在光电科技领域与集团共同推进技术发展和市场开拓。