可以采用两种方式处理:

1、将原实际支付凭证做冲销处理(采用红字冲销，以免虚增借贷方发生额)，然后再按预计费用科目重新录入实际支付的会计凭证；

2、另外再补做一笔调账的转账凭证，对往来科目进行平账，具体分录如下:

借:预提费用科目 XX

贷:实际支付二级科目 XX