助理工程师证遗失后，补办流程如下：

首先，需要个人填写《专业技术资格证书补发登记表》，并由单位审核盖章。确保所有信息准确无误。

其次，必须在当地公开发行的报纸上刊登遗失声明。声明内容需详细列出姓名、性别、任职资格名称、评审通过时间、证书编号及遗失时间等信息。如果信息不详，将不予补办。

刊登遗失声明后，需等待六个月。期间，须确保声明已广泛传播。

六个月后，可前往市人社局职称科申请补办证书。办理时，携带所有相关材料，确保流程顺利。

在整个过程中，务必保持耐心与细致，以确保顺利补办助理工程师证。

若在补办过程中遇到任何问题，建议及时与相关部门沟通，获取专业指导与帮助。

此外，补办证书可能需要一定时间，请合理安排个人事务，确保补办工作按时完成。