在探讨分公司独立核算时，我们首先需要明确其财务操作的基本框架。独立核算意味着分公司需要自行进行财务记录和管理，以反映其独立的财务状况。然而，当谈到销售发票由总公司代开时，如何在分公司层面进行账务处理，成为了一个值得探讨的问题。

在这样的情况下，分公司确实可能面临收入账不做、成本账不做的情形。这主要是因为销售发票由总公司开具，意味着收入的确认和记录实际上发生在总公司的层面。因此，从分公司的角度来看，这些交易被视为外部交易，它们的收入和成本在分公司账上并不直接体现。

但即使如此，分公司仍然需要进行一些基础的账务处理，以确保其财务报表的完整性和准确性。首先，分公司需要对工资和费用进行记录和核算。这些支出是分公司运营过程中不可避免的成本，对于评估其盈利能力、成本控制以及现金流状况至关重要。通过详细记录工资和费用，分公司可以更好地理解自身的成本结构，并据此进行决策。

此外，分公司还应定期与总公司进行财务对账，以确保所有交易的准确性和完整性。这包括但不限于销售发票的开具、收入的确认、成本的分摊以及工资和费用的结算等。通过这一过程，分公司能够及时发现并解决账务上的问题，确保其财务信息的准确性和一致性。

总之，尽管在销售发票由总公司代开的情况下，分公司可能在收入和成本的账务处理上面临特殊情形，但通过正确记录工资和费用，以及与总公司的有效对账，分公司仍能够实现其财务独立核算的目标。这不仅有助于分公司更好地管理其财务活动，也为后续的税务申报和合规性提供了坚实的依据。