开具红字专用发票处理流程，企业需向税务机关提交申请，税务机关审核后开具通知单，企业根据通知单内容开具红字发票。流程分为购买方与销售方申请两种情况。购买方申请时，因销货退回、销售折让或发票认证不符等问题，需申请开具红字发票。申请后，税务机关审核并开具通知单，购买方将通知单传递给销售方，销售方根据通知单内容开具红字发票。若销售方申请，情况包括开票有误未交付或拒收，销售方需提交申请，税务机关审核后开具通知单，销售方凭通知单内容开具红字发票。