1、就业不同：

研究所基本上不会组织招聘会，也就是说中科院毕业的学生找工作需要到对应城市的985高校去“蹭”一下招聘会，这和985院校得天独厚的“校企”优势无法相提并论，985高校的校友遍布全国各地，且已经有数十年甚至上百年的历史，在招聘人员的心中早已经留下了“烙印”，并且有很多来招聘的企业本身就是该985院校的校董企业，不少企业的董事长是该985院校的校友。

2、生源不同：

985高校有自己培养的大量的本科生源，这也是他们招生的优势。相反，中科院的研究生每年的生源质量“方差”极大，好的研究生不乏有“清北复交”等学校的学生保送过去读研，差一些的研究所则只能靠中科院系统内的“调剂”来补救，如果是更偏远的研究所则只能靠“校外调剂”来补足。

3、科研平台不同：

一般而言中科院的实验条件和平台要高于985高校，当然这也是相对的，中科院和985高校各自都有各自的“上等马、中等马、下等马”，比如清华大学和北京大学这样的高校和中科院计算机所，化学所等。

参考资料来源：百度百科-中国科学院

参考资料来源：百度百科-大学