这是语音学问题。首先语音学里没有软元音。而且在я ё ю е и 是元音字母，不是元音。

俄语里元音只有а, о, у, э, ы，所以本来俄语里元音字母只有а, о, у, э, ы. 它们具体怎么念取决于前面的辅音是硬辅音还是软辅音。用拉丁字母来写比如a，前面是硬辅音就念“啊”，前面是软辅音就念“呀”。这样在辅音符号后面还得加标注注明是什么辅音（“ь”（软音符号）就是软辅音，“ъ”（硬音符号）就是硬辅音）。所以造字的为了写辅音的时候省事就又造了5个字母я， ё， ю， е ，и，把和元音相拼的硬音符号和软音符号都省了。但实际上任何语言里也不把这五个音当元音，因为他们只不过是其他五个元音的软化。

还有一些单词末尾的辅音，不能如上述方式简化，就写上硬音符号和软音符号区分。十月革命以后搞简化字，把词尾的硬音符号省了，因为反正俄语里不是硬辅音就是软辅音，不写软音符号就是硬辅音。

比较赞赏你的探究精神，实际上我也是这么摸索过来的。语音学我也不是专家，建议你：

1.上百度百科查“语音学”，“元音”，“辅音”，“俄语”。

2.读《俄语语法》，大概是外研社翻译出版的，前面有很多语音学。