两个区别：

1、哈尔滨工程大学备案制比编制报名条件更低，编制学历要求往往都需要全日制，且至少本科及以上。而备案制，全日制大专，甚至函授本科也都是可以的。

2、哈尔滨工程大学备案制比编制招聘名额更多，机会更大。