在2003年，观塘玛利诺书院拥有大约1200名学生，他们分布在31个不同的班级中。中一至中五的班级分为A、B、C、D、E五个班，每个班级大约有40名学生。中六至中七则设有三个班别，分别为Art、Biology和Mathematics，每个班大约有30名学生。

到了2005年，学校在中四和中五级别实施了四理一文制度，A班被设置为文科班，而B、C、D、E班则为理科班。在此之前，A、B、C班为理科班，而D、E班则是文科班。

此外，学校在中六和中七也接收一些女生。然而，从2006年开始，由于夜校的关闭，学校行政议会重新考虑了政策，并认为只招收三名女生的意义不大，因此不再在中六招收女生。

综上所述，观塘玛利诺书院的班级架构随着教育政策的调整而不断变化。学校在不同阶段设有不同的班级设置，以适应学生的学习需求。尽管在某些情况下，政策的调整可能会引起一些变动，但学校的宗旨始终是为学生提供最适合的教育环境。