中科院与清华北大最根本的区别是性质不同：中科院是机构，清华北大是中国高等院校。

（1）中国科学院（英文名称：Chinese Academy of Sciences，简称中科院）成立于1949年11月，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。

（2）清华大学，简称“清华”，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管高校，位列国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程”。

（3）北京大学，简称“北大”，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列“双一流”、“211工程”、“985工程”。

扩展资料：

中科院设有院机关13个，分院12个，研究单位114个，学校及公共支撑单位7个，其他单位4个，共建单位12个，院直接投资的全资及控股企业22个，四类机构34个，院非法人单元113个，相关组织5个。

中国科学院主要负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。

参考资料来源：百度百科-中国科学院

参考资料来源：百度百科-清华大学

参考资料来源：百度百科-北京大学