支付的运费应当计入运输费用科目。

详细解释如下：

一、运输费用的定义

运输费用，是指因物品运输而产生的相关费用，包括货物的实际运输过程中所产生的费用。这些费用通常由运输服务提供商收取，并反映在企业的财务记录中。

二、运费的具体处理

当企业支付运费时，应当将这笔费用记入运输费用科目。这是因为运费是企业为了完成物流活动而产生的必要支出，应当被归类为运营成本或营业费用。运费是企业进行业务活动的一个组成部分，因此在会计核算中有专门的科目进行记录和管理。

三、会计科目的作用

在企业的会计体系中，科目是用来分类和记录交易事项的。对于运费而言，通过将其归入运输费用科目，企业能够清晰地了解其运输支出的规模、结构和变化趋势，有助于企业进行成本控制、预算制定和决策分析。同时，也有助于外部审计和监管部门更准确地了解企业的财务状况和经营成果。

综上所述，支付的运费应当计入运输费用科目，这有助于企业对其运营成本有更清晰的认识，并进行有效的财务管理。