冶金工程施工总承包特级资质不可以代替机电三级资质。冶金工程施工总承包特级资质和机电工程施工总承包三级资质在资质等级和专业领域上是不同的，因此不能完全代替。冶金工程施工总承包特级资质是指具备从事冶金工程施工的最高资质等级，适用于承接各类冶金工程项目。机电工程施工总承包三级资质是指具备从事机电工程施工的三级资质等级，适用于承接一定规模和难度的机电工程项目。尽管冶金工程和机电工程有一定的关联性，但是两者仍然是不同的专业领域。因此，在承接机电工程项目时，通常需要具备机电工程施工总承包相应的资质等级，而冶金工程施工总承包特级资质不能直接代替机电工程施工总承包三级资质。