是的，一般情况下，公共课的成绩会被记录在本学院的教务系统中。教务系统是学院管理学生的重要工具，其中包括学生的课程信息、成绩记录、个人资料等。学校教务系统的目的是方便学生和教师对学生的学习情况进行管理和查询。因此，公共课的成绩通常都会被准确记录在教务系统中。