主要有：微生物、食品中酶、物理因素及其它因素。其中微生物起决定作用。

（1）由微生物引起的食品腐败变质

在食品安全控制方面重要的是人畜粪源性微生物，细菌和霉菌引起的食物腐败最为常见。

引起腐败的细菌包括各种需氧性芽孢杆菌和厌氧性梭状芽孢杆菌，由于它们能产生芽孢，对热的抵抗力特别强，是一些加热后罐藏食品的主要腐败菌；

非芽孢杆菌，如大肠杆菌、变形杆菌和液化链球菌等，它们不产生芽孢，热抵抗力弱，是新鲜食品、冷藏食品的常见腐败菌。

在培养基上能长成绒毛状或棉絮状菌丝体的真菌统称为霉菌，如青霉属、芽枝霉属、念珠霉属、毛霉属等，可在较低的水分活度值内生长。当霉菌引起食物腐败后，会出现肉眼可见的各色菌丝体，还会出现食物组织软化、解体等。酵母是兼性厌氧菌，具有耐高浓度糖和盐的特性，对多数糖有分解作用，通常易在果汁、炼乳中引起腐败。

（2）由食品中酶引起的食品腐败变质

多酚氧化酶以食品中酚类、黄酮类、单宁类为底物，催化形成醌类，再进一步氧化聚合形成黑色素，出现食品的褐变或黑变、异味和营养成分损失。

脂氧合酶存在于多种植物种子中，以大豆中含量最高。该酶破坏亚油酸、亚麻酸等必须脂肪酸，损害某些维生素、蛋白质等成分，造成食品变质。

脂酶（lipoidase）存在于含脂肪的组织中，使脂肪分解为甘油和脂肪酸，食品中游离脂肪酸含量增加，导致食品变质、变味、酸败。如哺乳动物的胰脂酶，粮食、干果、乳制品中含有脂肪酶。

果蔬成熟时果胶酶活力增加，分解果胶质（细胞壁、胞间层）变成水溶性物质，使果蔬软化。