福建农林大学有四个校区，分别为仓山校区、旗山校区、安溪茶学院校区和南平校区。

仓山校区是学校本部，因此被评价为最好。

仓山校区位于仓山区洪山桥上店路15号。

南平校区是福建农林大学下属教学单位，位于南平市西郊，占地308亩，校舍面积达10万㎡。其地址在福建省南平市西郊。

旗山校区坐落在福建省福州市闽侯县溪源宫路63号。

安溪校区地址位于福建省泉州市安溪县东二环路中国茶博汇北1500米。