地区不同，院系不同。

1、根据查询中国教育网显示，地区不同，福州大学晋江校区位于晋江市金井镇，福州大学本部学院位于旗山。

2、院系不同，福州大学晋江校区，包括福州大学晋江研究生院、福州大学大学生创业教育园等，福州大学本部的学院，有电气与工程学院、机械工程及自动化学院等。