福建船政交通职业学院王牌专业包括汽车检测与维修技术、航海技术等。学院在专业建设上取得了一系列成果，具体如下：

双高计划高水平专业群建设：航海技术、安全技术与管理

国家示范院校重点建设专业：汽车检测与维修技术、道路桥梁工程技术、航海技术、轮机工程技术、机电一体化技术、安全技术管理、物流管理、计算机应用技术

《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）》项目认定骨干专业：机电一体化技术、航海技术、道路桥梁工程技术、汽车检测与维修技术、计算机应用技术、报关与国际货运、安全技术与管理

全国职业院校交通运输类示范专业点：汽车检测与维修技术、航海技术

全国职业院校装备制造类示范专业点：机电一体化技术

学院开设专业多样，涵盖多个科类和性质，学制多为三年。其中，工程管理（土木工程管理方向）为应用型本科专业；汽车运用技术（汽车服务与维修方向）、汽车技术服务与营销等专业面向汽车领域；建筑工程管理、房地产经营与估价、建筑装饰工程技术等专业涉及建筑与房地产；安全技术管理、航海技术、国际航运业务管理、海事管理等专业侧重于安全与交通运输；应用英语、商务英语等专业培养外语应用能力；交通运营管理、营销与策划等专业面向现代服务业；电子商务、连锁经营管理、物流管理等专业聚焦于现代流通领域；还有机电一体化技术、港口物流设备与自动控制、港口工程技术等工程技术专业。

专业设置覆盖了工程技术、交通运输、建筑、管理、外语、现代服务业等多个领域，满足了不同学生的职业发展需求。