在工程变更程序中，总监理工程师首先组织专业监理工程师进行审查，并提出具体的建议。如果涉及设计修改，监理工程师会将相关情况转达给建设单位，建设单位则需将这些信息传递给原设计单位进行修改。在某些情况下，监理机构建议建设单位组织包括设计、施工等多方在内的专题会议，以讨论和确定工程设计文件修改的具体方案。

接下来，总监理工程师将组织专业监理工程师对工程变更可能产生的费用增加及工期延误进行评估。这一步骤旨在确保所有相关方对变更成本和时间影响有清晰的认识。之后，总监理工程师将与建设单位及施工单位共同协商，以确定最终的变更费用及工期调整。协商后，各方需要在工程变更单上签字确认。

最后，项目监理机构将根据已批准的工程变更文件，监督施工单位按照变更内容实施相应的工作。在此过程中，监理工程师需要持续跟进，确保变更工作的顺利进行，并及时解决施工中出现的问题。

在整个变更过程中，监理工程师需要保持高度的专业性和责任心，确保变更决策的科学性和合理性。同时，监理工程师还需密切关注变更实施过程中的质量控制，确保变更后的工程符合设计要求和规范标准。

通过严格的变更管理程序，监理工程师可以有效控制工程变更带来的风险，保障工程质量和进度，从而实现项目的顺利进行。

此外，监理工程师还需与建设单位和施工单位保持良好的沟通，确保各方对变更内容有明确的理解和共识。这不仅有助于提高工作效率，也有利于维护各方的合作关系。

总之，监理工程师在工程变更中的作用至关重要。他们不仅需要具备专业的技术知识，还需要具备良好的沟通能力和协调能力，以确保变更过程的顺利进行。