客运公司缴纳的主要税种包括营业税、增值税、企业所得税等。

一、营业税

客运公司作为交通运输服务业，根据营业收入需要缴纳营业税。营业税是对提供应税劳务、转让无形资产或销售不动产的单位和个人征收的税种。客运公司的应税收入包括运输服务收入、装卸收入等。

二、增值税

随着税务制度的改革，营业税已逐渐转为增值税。客运公司在提供运输服务时，对于其增值部分需要缴纳增值税。增值税是对商品和服务的增值部分征税，可以避免重复征税，减轻企业负担。

三、企业所得税

客运公司作为企业，在年度盈利后需要缴纳企业所得税。企业所得税是对企业经营所得收入征收的税种，根据企业的年度应纳税所得额来计算，一般用于调节企业的收入分配和社会资源的合理配置。

除了上述主要税种外，客运公司还可能涉及其他小税种，如城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，这些税费的具体缴纳标准会根据地区和政策差异有所不同。总之，客运公司在运营过程中需要按照相关税法规定，按时缴纳各种税费，以维护正常的经济秩序和企业信誉。