现代农业物流面临诸多挑战，首要问题是缺乏科学认知。当前，人们对物流的理解往往局限于农产品的仓储、运输和装卸，忽视了现代农业物流涵盖农业生产布局、农资和农产品的实体运动等环节。这导致物流各环节间缺乏有效衔接，无法实现整体优化。

此外，高昂的物流成本也是制约农业发展的一大因素。我国农业生产多以小规模家庭为单位，难以形成规模效益。分散采购和销售模式导致物流资源利用率低，生产要素供应不稳定，物流成本居高不下。以农产品为例，我国物流成本占总成本的30%至40%，鲜活农产品更高达60%以上，远高于发达国家的10%左右。

技术装备落后同样拖累了物流效率。我国缺乏专门的农业运输工具，存储保鲜技术落后，导致大量农产品在流通过程中受损。据统计，我国约80%的生鲜食品采用常温保存，每年因此造成的经济损失高达上千亿元。

信息化滞后严重制约了物流效率。尽管一些农业部门建立了信息网络，但这些网络在乡村层面存在断层，信息更新不及时，导致信息共享困难。农业物流缺乏统一的信息系统，信息技术应用不足，企业间信息化水平参差不齐。

社会化与市场化程度低也影响了物流效率。多数农资和农产品生产企业倾向于自营物流，即使寻求外部服务也多为一次性或临时需求。这种模式限制了第三方物流的发展，导致这些服务规模较小，难以提供深加工、信息服务等增值服务。

最后，物流标准化程度低阻碍了物流效率的提升。目前我国仍未建立起适应农业物流的技术和工作标准体系，导致物流装备、设施和行为的非标准化现象严重。这不仅增加了操作难度，也影响了国际物流活动的顺利进行。