专项资金审计中存在几个主要问题，首先是在审计准备阶段，由于审计资源有限，对专项资金的专业性和行业特殊性理解不足。审计人员在审前调查时，主要精力集中在收集基本信息和理解专业概念上，而对专项资金的逐级运作机制理解不深，穿行测试不全面，重要性水平和审计风险评估主要依赖于经验和直觉，缺乏基于内部控制测评的实证分析，审计方案的指导性和操作性受到限制。

其次，在实质性测试方面，由于侧重于资金支出的审计，而对效益控制的考核不够，导致审计取证有时不足以揭示问题本质。审计人员可能依赖小样本来推断总体情况，忽视了样本的地域差异和代表性，使得审计结果可能过于乐观，提出的管理建议缺乏深度。由于样本量不足，难以深入分析控制环节的有效性，难以解答“屡查屡犯”的问题。

再者，审计方法和技术手段的落后也是一个关键问题。当前审计仍主要依赖账项基础审计，难以应对复杂的专项资金项目。例如，对于实行报账制的项目，审计手段受限，无法核实资金的真实用途，增加了审计风险。另外，由于项目信息不共享和缺乏技术手段，审计人员难以充分运用定量技术，影响了审计信息的准确性和客观性。

最后，现场审计的测量工具和手段不足，特别是在基建投资项目的审计中，无法进行专业验证，导致审计结果往往停留在表浅的定性层面，难以深入挖掘问题的根源和影响程度。这既反映出制度设计的局限，也反映审计人员知识结构和提升空间的需求。

扩展资料

专项资金审计是审计机关对专项资金收支的真实性、合法性和效益性进行的监督活动。专项资金审计只对某项资金的收支活动进行审查，一般不需要涉及被审计单位的其他财政财务收支活动。