三方协调机制的具体运行，即为解决劳动者、政府、企业之间的利益冲突，三方之间进行协商的程序、步骤、次序和方法。通过三方对话机构的确立、集体谈判、有效的沟通对话渠道，使得三方协调从理论变为现实，三方协调机制得到落实和运行。现代各国关于三方协调机制的运行有着不同规定，其中美国模式发展较早，截至目前已经较为成熟和系统。在机构设置方面，美国联邦政府成立了调解和解委员会，使用调解与和解的方法解决劳动纠纷。在调解的过程中，根据阶段的不同可以分为，开始阶段、中间阶段、结束阶段。在开始阶段，劳动者与企业就劳动合同、工资报酬、企业规章等问题发生分歧或者争议，双方或一方可以提出开始集体谈判，开始集体谈判之前，双方应相互的交换信息，对召开谈判的时间和地点进行事先的约定，在这个阶段也可以申请政府介入协调相关事宜。在中间阶段，劳动者和企业在事先约定的时间和地点，先确定具体议题再就各个议题分别进行协商和讨论，达成初步合意之后再进行各自内部的商议和讨论确定具体方案，若在谈判过程中出现无法解决的重大分歧或谈判陷入僵局，双方可以申请政府或其他专业的调解机构进行调解，推动双方最后达成一致的协议。在结束阶段，劳动者和企业在政府的指导和监督之下签署最终的协议，该协议具有法律拘束力，双方都必须执行不能违反，若一方违约可视为违法，另一方可将该协议交法院强制执行，至此整个三方协调机制的程序结束。