最好使用文献管理软件分类管理，如Endnote、NoteExpress等 ，可以对文献进行注释和做笔记；另外对于文献中的重要理论、数据、进展等可以摘抄到word中，尤其是外文文章看完后要做笔记。个人看法，仅供参考。