1958年至2006年，李爱珍在中科院上海微系统与信息技术研究所（原上海冶金所）担任职务，期间于1988年晋升为研究员，并在同年获得国务院学位委员会的认可，成为博士生导师。她的学术生涯中，她曾赴美国卡内基梅隆大学和德国马普学会担任访问教授，积累了丰富的国际学术交流经验。1985年至1993年，她担任中国科学院上海冶金所半导体材料研究室室主任，1993年后又担任信息功能材料研究室室主任兼国家重点实验室常务副主任。在1997年至2004年间，她更是担任信息功能材料国家重点实验室学术委员会主任，活跃在科研管理的第一线。

李爱珍的学术影响力也在国际上得到了认可。1997年，她成为磷化锢及有关化合物国际会议程序委员会委员，并在第一届欧亚等离子物理和工程国际会议上担任国际学术委员会委员。在新材料领域，她自1988年起担任863计划电子、光电子材料专题负责人，为国家科技发展做出了重要贡献。2003年，她当选为亚太材料科学院院士，这一荣誉标志着她在材料科学领域的杰出成就。同年，她荣获第三世界科学院(TWAS)的工程科学奖，这是中国科学家首次获得此项国际大奖，证明了她在国际科学界的影响力。

然而，尽管她在科研上取得了显著的成就，李爱珍在院士评选中却多次未能当选，尤其是在中国科学院院士的评选中，她在第一阶段即遭淘汰。尽管如此，她是中国大陆16位当选美国国家科学院外籍院士的科学家中唯一一位在国内没有院士头衔的。这一事实凸显了她在国际科学界的地位，即使在国内荣誉上稍显空白，她的学术影响力和贡献不容忽视。