教育部直属高校与全国重点大学之间的关系是复杂且多样的。一般来说，所有教育部直属高校均属于全国重点大学范畴，即包括211或985大学。然而，全国重点大学并不完全局限于教育部直属高校，它们还包括其他部委所属的高校或省属高校。

例如，南京师范大学和安徽大学作为江苏省和安徽省的省属高校，并未被教育部直接管辖，但它们均被列入国家“211发展计划”，因此被认定为全国重点大学。再如，中国科技大学，虽然隶属于中国科学院而非教育部，但它同样位列985大学和C9大学之中，后者相当于中国的常春藤高校，包括清华大学、北京大学、中国科技大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学、南京大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学。

中央民族大学则被列为国家重点大学（211+985），但其隶属于国家民委管辖。哈尔滨工业大学、西北工业大学、北京航空航天大学、南京航空航天大学、北京理工大学、南京理工大学、哈尔滨工程大学等均隶属于中华人民共和国工业和信息化部，它们以军事、军工等学科为特色，但并非全部为教育部直属高校。

此外，中国协和医科大学作为中国顶尖的医科大学，属于国家卫生和计划生育委员会直属的985大学，而非教育部直属。

还有一种特殊类型，即省部共建高校，这类高校由教育部和各省、各部委联合出资支持其发展。部分省部共建高校属于211/985大学，如南昌大学、安徽大学等，但也有部分省部共建高校并不属于全国重点大学，但依然拥有不错的学科和综合实力，如安徽师范大学，尽管在全国排名120，却拥有54个博士点和157个硕士点，其综合实力甚至优于某些垫底的211大学。