淅川县移民局下设的两个重要机构分别是库区经济技术服务中心和库区乡镇移民所。

库区经济技术服务中心是一个自收自支的股级事业单位，其主要职责包括：推动库区科技发展，支持移民社会服务体系的建设；建立和强化移民服务的龙头组织；引进新的品种和技术，并进行技术培训，以此促进库区的整体进步。

另一方面，库区乡镇移民所则分布在县内的12个区域。他们的主要任务是：紧密配合上级部门，确保南水北调中线工程移民工作的顺利进行；负责本乡镇范围内年度老移民扶持项目的规划、申报、实施和验收；管理并回收移民生产扶持资金；处理移民安置相关的群众咨询和投诉；以及执行上级安排的临时重要任务。