日本籍婴儿在办理回国签证时，需要准备以下材料：1. 婴儿的有效护照和签证原件。2. 境外人员临时住宿登记单的复印件。3. 填写完整的《外国人签证证件申请表》，并附上近期拍摄的2寸半身正面免冠照片。4. 来自出入境检验检疫部门的健康证明。5. 探访家庭成员的有效护照和居留证件的复印件。6. 提供一份说明亲属关系的函件。7. 根据申请的具体事由，提交相应的证明材料。