在日本签证的申请过程中，涉及到居住证、社保、公积金和税单等多个要素，针对大连户口持有者在上海居住，但无上海居住证，仅持有上海社保公积金税单的情况，如何正确选择领区办理签证申请，是很多人在实践过程中遇到的困惑。

首先，需要明确的是，日本签证的申请地点并非根据户口所在地或居住证来确定，而是依据个人的居住地和实际活动中心。在大连户口持有者的情况中，虽然大连是户口所在地，但由于实际居住在上海，并且持有上海的社保公积金税单，因此更适宜在上海申请签证。

日本驻上海总领事馆或上海地区其他领事机构，由于与上海的社保、公积金和税务系统有更紧密的联系，能更方便地验证申请者的实际居住和工作情况。大连作为户口所在地，并没有直接的领事机构提供签证申请服务，因此大连户口持有者在大连申请签证，并不具有优势。

当然，如果大连户口持有者在上海有稳定的工作、连续的社保缴纳记录，以及能提供其他证明实际在上海居住的文件，那么在大连申请签证也是可能的。但这需要额外的证明材料和流程，相比之下，在上海申请签证更为便捷和高效。

综上所述，对于大连户口持有者在上海居住，仅持有上海社保公积金税单的情况，应在上海申请日本签证。这样做不仅流程更为简便，也更符合签证申请的实际情况和日本领事机构的办理需求。