首先有一个基本性问题，旅游签证没有3年的。旅游只有短期签证。

3年的签证现在在日本有三种：

1、定住签证

2、工作签证

3、配偶签证

如果按你的意思来说，你所说有3年签证应该是工作签证的一种，是最近日本为因为商务活动需要在一定的期间内多次往返日本的商务人士开发，长期商务签证。

此类签证只对有需要的商务人士发放，需要出具相应的商务活动证明资料。

此类签证无上陆地要求，也不活动区域的限制，但在该签证申请时，你需要出具商务活动证明资料，做作商务人士在日本国内旅游的话，虽然不是问题，但会让入管局怀疑你输此类签证的目的是否与商务活动有关。

此灰签证只要你拿在手里，可以正常出入日本所有的海关。所以没有问题。

希望可以帮你到有问题再留言吧。