思南县教育局内设机构众多，各部门分工明确，承担着教育系统的各项职能。

1. 办公室：主要负责局机关的综合协调，包括党务、政务、事务的处理，会议组织与督办，文秘工作，政务公开、新闻宣传、教育信息管理，政治学习、计划生育、信访、档案及后勤服务等。

2. 督导室：监督教育政策执行情况，制定评估方案，对学校办学行为和管理进行专项督查。

3. 人事股：管理教育系统人事、工资福利，教职工调配，毕业生就业指导，教师培训，考核任免，职称评审等人事工作。

4. 基础教育股：负责特殊教育、学前教育，参与民办教育审核，管理义务教育阶段学籍，教材征订及质量评估等。

5. 计财股：负责教育系统的财务规划、核算、管理，中小学校经费划拨和监督，财务制度制定，固定资产管理等。

6. 教研室：调研课程执行情况，推动教学改革，组织教研活动，进行教育科研规划和成果推广。

7. 工程办：负责校园规划和基建工作，确保工程项目的质量控制和安全。

8. 招生办：负责高考、中考、成人招生及高等教育自学考试的报名和考试工作。

9. 教仪站：负责教学仪器设备的管理和现代教育技术推广。

10. 安监站：负责学校安全管理和应急处理，确保教育系统的安全稳定。

11. 学生资助中心：负责贫困生的资助和大学生生源地贷款工作。

12. 校财局管中心：负责义务教育阶段学校资金的专户管理和审计监督。

13. 纪检监察室：负责纪检监察工作，加强党风廉政建设，处理收费违规案件。

14. 教育服务中心：负责勤工俭学工作的规划和指导。

15. 工会：维护教职工权益，指导基层工会建设，推进校务公开，管理工会经费。