北海道
- 千岛列岛（日本政府认为归属未定。择捉岛以西被称为“北方领土”，日本政府宣称拥有主权，但现由俄罗斯联邦控制。）
- 得抚岛等
- 择捉岛 - 日本政府宣称其领域的最北端
- 国后岛
- 色丹岛
- 齿舞群岛
本州
- 青森县 久六岛
- 宫城县 大岛江岛 (宫城县)出岛田代岛网地岛金华山宫户岛浦户诸岛
- 山形县 飞岛
- 新潟县 佐渡岛
- 粟岛
- 神奈川县 猿岛野岛城ヶ岛江之岛平岛姥岛
- 静冈县 初岛手石岛
- 爱知县 筱岛日间贺岛佐久岛竹岛三河大岛
- 三重县 贤岛答志岛神岛菅岛坂手岛渡鹿野岛间崎岛
和歌山县
- 纪伊大岛
- 岛根县 大根岛隐岐群岛
- 竹岛（韩国称“独岛”，日本、韩国均宣称拥有主权，但现由韩国控制）
山口县（瀬戸内海以外）
- 萩诸岛
- 见岛
- 相岛
- 大岛
- 青海岛
- 响滩诸岛
- 角岛
- 盖井岛
- 六连岛
- 竹ノ子岛
瀬戸内海诸岛
- 兵库县 淡路岛沼岛家岛诸岛和歌山县 友岛
冈山县
- 犬岛
- 日生诸岛
- 笠冈诸岛
- 高岛
- 白石岛
- 北木岛
- 真锅岛
- 大飞岛
- 小飞岛
- 六岛
广岛县
- 芸予诸岛
- 严岛
- 向岛
- 因岛
- 生口岛
- 似岛
- 仓桥岛
- 江田岛
- 东能美岛
- 西能美岛
- 大久野岛
- 大崎上岛
- 大崎下岛
山口县
- 柱岛群岛
- 端岛
- 柱岛
- 防予诸岛
- 平群岛
- 熊毛群岛
- 祝岛
- 周防大岛诸岛
- 周防大岛（屋代岛）
- 周南诸岛
- 牛岛
- 笠户岛
- 大津岛
- 黑髪岛
- 野岛
- 岩流岛（船岛）
香川县
- 小豆岛
- 直岛
- 豊岛
- 塩饱诸岛
- 与岛
- 柜石岛
- 岩黒岛
- 本岛
爱媛县
- 伯方岛
- 弓削岛
- 生名岛
- 大三岛
- 中岛
- 御五神岛
德岛县
- 伊岛
- 大毛岛
九州
- 福冈县 大岛冲ノ岛志贺岛玄界岛能古岛姫岛
- 长崎县 对马 海栗岛三ッ岛壹岐岛 大岛长岛原岛若宫岛五岛群岛
- 福江岛
- 久贺岛
- 蕨小岛
- 奈留岛
- 若松岛
- 日岛
- 中通岛
- 头ヶ岛
- 折岛
- 宇久岛
- 小値贺岛
- 男女群岛
- 鸟岛
- 平戸岛
- 生月岛的山大岛
- 度岛
- 高岛
- 端岛（通称军舰岛）
- 伊王岛
- 桦岛
- 横岛
- 鹰岛
- 青岛
- 福岛
- いろは岛
- 崎户岛
- 大岛
- 江岛
- 松岛
- 平岛
- 蛎浦岛
- 九十九岛 (西海国立公园)
- 黒岛
- 高岛
- 针尾岛
- 箕岛
- 九十九岛 (岛原神粗市丛瞎余)
大分县
- 姫岛
- 豊后诸岛
- 高岛
- 津久见岛
- 地无垢岛・冲无垢岛
- 保户岛
- 大入岛
- 大岛
- 水ノ子岛
- 屋形岛
- 深岛
- 熊本县 天草群岛
宫崎县
- 青岛
- 幸岛
- 鹿儿岛县 樱岛（1914年前是独立岛屿，现成为九州的一部份）
- 甑岛群岛
- 伊豆诸岛 （东京都）
- 伊豆大岛
- 利岛
- 新岛
- 地内岛
- 鹈渡根岛
- 早岛
- 式根岛
- 神津岛
- 祇苗岛
- 恩驰岛
- 銭洲
- 三宅岛
- 大野原岛
- 御蔵岛
- 蔺滩波岛
- 八丈岛
- 八丈小岛
- 青ヶ岛
- 鸟岛
- 小笠原群岛
- 父岛
- 母岛
- 聟岛
- 嫁岛
- 媒岛
- 兄岛
- 弟岛
- 姊岛
- 妹岛
- 北硫黄岛
- 硫黄岛
- 南硫黄岛
- 西之岛
- 冲之鸟岛
- 南鸟岛
- 南西诸岛
- 萨南群岛 （鹿儿岛县）
- 大隅群岛
- 种子岛
- 屋久岛
- 口永良部岛
- 硫黄岛（鬼界ヶ岛）
- 黑岛
- 竹岛
- 宇治群岛
- 草垣群岛
- 吐噶喇群岛
- 口之岛
- 中之岛
- 平岛
- 诹访之瀬岛
- 悪石岛
- 小宝岛
- 宝岛
- 卧蛇岛
- 小卧蛇岛
- 横当岛
- 奄美群岛
- 奄美大岛
- 喜界岛
- 加计吕麻岛
- 与路岛
- 请岛
- 德之岛
- 冲永良部岛
- 与论岛
- 琉球诸岛（冲绳县）
- 冲绳群岛
- 冲绳渗滚本岛
- 渡名喜岛
- 粟国岛
- 久米岛
- 伊江岛
- 水纳岛
- 伊平屋岛
- 伊是名岛
- 大东群岛
- 北大东岛
- 南大东岛
- 冲大东岛
- 庆良间群岛
- 先岛群岛
- 宫古群岛
- 宫古岛
- 大神岛
- 池间岛
- 伊良部岛
- 下地岛
- 来间岛
- 水纳岛
- 多良间岛
- 八重山群岛
- 石垣岛
- 西表岛
- 竹富岛
- 小浜岛
- 黑岛
- 鸠间岛
- 新城岛
- 波照间岛
- 日本最南端的有人岛
- 与那国岛
- 日本的最西端岛屿
