哈尔滨工程大学的院系划分主要围绕工程技术和人文社科领域展开，具体如下：

第一系是船舶工程学院，专注于船舶设计与制造、海洋工程等领域的教学与研究。

第二系为航天与建筑工程学院，涉及航天器研制、建筑设计与施工等专业。

第三系是动力与能源工程学院，涵盖动力工程、能源利用与转换等相关技术。

第四系为自动化学院，致力于自动化控制、机器人技术的研究与发展。

第五系是水声工程学院，研究水声技术、水下探测与通信等领域。

第六系为计算机科学与技术学院，软件学院和国家保密学院均隶属于其中，提供计算机软件开发、信息安全等课程。

第七系为机电工程学院，研究机械设计、电气工程及其自动化技术。

第八系为信息与通信工程学院，涵盖通信技术、信号处理等专业领域。

第九系为经济管理学院，培养经济管理、财务管理等领域的专业人才。

第十系为材料科学与工程学院，研究材料科学、材料工程等。

第十一系为理学院，提供物理、化学、数学等基础科学教育。

第十二系为外语系，教授英语、日语等语言。

第十三系为人文社会科学学院，涵盖历史学、哲学、社会学等人文社科专业。

第十四系为国际合作与教育学院，致力于国际合作教育与交流。

第十五系为核学院，研究核能科学与技术。

第十六系为国防教育学院，提供国防教育与军事训练。