1945年（昭和20年）的台北帝大组织如下。

本部是台北帝国大学的行政中心，负责全校的统筹管理。下面设有多个附属机构，如庶务课，负责学校的日常行政事务；会计课，负责财务管理；学生课，负责学生事务的管理。此外，学校还设有附属图书馆，为师生提供文献资料。在学术研究方面，台北帝大设有多个学部，包括文政学部、理学部、医学部、工学部等，下设各种学科，如哲学科、史学科、文学科、政学科、化学科、动物学科、植物学科、地质学科、农学部、农学科、农业经济学科、农业土木学科、农艺化学科、兽医学专攻、医学部、附属医院、台北帝国大学机械工学科、电气工学科、应用化学科、土木工学科、预科等。此外，学校还设有附属机构，如附属植物园、附属农场、附属医学专门部、热带医学研究所、热带医学科、热带卫生学科、细菌血清学科、厚生医学科等，以支持学术研究和实践教学。为了更好地服务学生，学校在台北、士林、台中、台南等地区设有支所，以及南方人文研究所、南方资源科学研究所等研究机构。同时，学校还设有实验所，为科研活动提供实验环境和技术支持。