日本的工业区域主要分为京滨、中京和阪神三大核心地带，以及北九州工业地带。以前四大工业地带中，京滨、东京、阪神地带的规模已经远远超过北九州。京滨地带以机械工业和出版印刷业为特点，石油精炼厂众多，川崎和横滨尤其显著；中京地带以汽车工业为主导，陶瓷业也集中于此；阪神地带则以金属工业和纺织业闻名，金属工业占比较高。

1997年，日本工业总产值达到了3,265,157亿日元，三大工业地带贡献了1,275,961亿日元，分别占据了全国工业生产总额的14.0%，13.9%和11.3%。然而，随着工业的扩张，一系列问题也随之而来，如工厂密集、环境污染、资源紧张和交通拥堵。为缓解压力，部分新工厂开始迁移至周边或内陆地区，形成新的工业区域。

除三大地带和北九州外，日本还有多个工业区，如关东内陆、京叶、鹿岛临海、东海、北陆和濑户内等。日本制造业的特色在于大工厂与中小工厂紧密相连，中小工厂主要为大工厂提供零部件，形成工业区集群。

1997年，日本的工厂总数为61.3万家，其中大工厂仅占0.6%，绝大多数为99.4%的中小工厂。中小企业是日本制造业的基石，技术实力较强，但规模小、资金有限，受大工厂订单波动影响较大。近年来，由于经济不景气和海外竞争压力，许多大企业转向海外生产，导致日本中小企业面临严峻挑战，破产率上升。