自考本科申请毕业的过程可以分为几个步骤。首先，考生需要在每年安排的两次毕业申报期间进行网上申报。在网上申报完成后，系统会自动进行初步审核。如果审核通过，考生无需前往现场进行初次审核，只需在线支付相关费用即可。对于那些未能通过系统初步审核的考生，系统会提供一份网上申报凭单，要求考生携带相关材料在规定的时间和地点进行现场初次审核，审核通过后同样可以在线支付费用。

在初次审核通过后，考生的资格将由市自考办、主考院校和省自考委进行三级审核。只有符合条件的考生才会被发给毕业证书和毕业生档案。

最后，考生需要在规定时间内到自考办公室出示准考证和身份证，领取证书。在领取毕业生档案登记簿时，考生需要签名确认，如果委托他人代领，被委托人也需要出示身份证。领取档案袋和证书夹后，考生应仔细检查，确保没有错装或缺漏，档案袋内应包含自考毕业证书、自考课程合格证、自考毕业生登记表及毕业成绩单。