我觉得你要首先理清一下这些事情的顺序：

1. 你读完研之后取得了毕业证，那么毕业证上的日期就是你的毕业起始日期，如果回国工作的话，那么你一定需要做学历学位认证，这个是有两年期限的，比如你是2012年6月毕业，那么你一定要在2014年6月前递交学历学问认证材料。学历学位证书上会非常明确显示出你的毕业日期，也就是说，假设你工作到2015年回国了，而学历学位证书上显示是2012年6月毕业，那么肯定就不是应届毕业生了，至于你说的工龄，每个单位在具体规定上是不一样的，这一定要向你的单位人力咨询，据我所知，这种情况下，这假设的三年应该不能算工龄。

2. 你的党员身份和档案放在人事代理没有直接影响关系，但是干部身份要看具体隶属部门和相关规定，我不敢给你肯定回答。

我的回答多中肯啊，谁还能比我回答的认真啊，哈哈哈。